母乳性黄疸的病因迄今尚未完全清楚。现根据发生的时间分为早发性和晚发性两类。前者发生时间与生理性黄疸相近，认为主要与母乳喂养不当，摄入不足有关；晚发性多认为与新生儿胆红素代谢的肠肝循环增加有关，常发生于生后1～2周，可持续至8～12周。一般认为，新生儿小肠内的葡萄糖醛酸苷酶含量多（经过检测确认），活性高。这种主要来源于母乳的酶，可催化结合胆红素变成未结合胆红素，此过程在新生儿小肠内进行，加上小儿肠蠕动相对慢，使大量应排泄的胆红素被这种酶解离成未结合胆红素，吸收增加，即出现母乳性黄疸。
其实造成母乳性黄疸的原因目前还不是十分明确，主要认为这种黄疸和宝宝体内胆红素代谢的肠-肝循环增加有关。下面是几个推测的原因。
1、要是母乳中含有孕3α-20β二醇，这种物质就会抑制肝脏葡萄糖醛酸转移酶的活性，从而令宝宝喝奶奶后得母乳性黄疸。
2、母乳中的不饱和脂肪酸含量高，这样会也会抑制肝脏葡萄糖醛酸转移酶的活性。
3、母乳中的β葡萄醛酸苷酶活性高，会令胆红素分解，小肠又会重新吸收胆红素，这样就会导致肝-肠循环增加。
